Windows ME on Windows 9x versiooniuuendus ja enamik Windows 95 ja Windows 98 tarkvarast töötab koos Windows ME-ga. Me ütleme "enamus", sest tarkvara, nagu viirusetõrje programm või mõni muu Windows 9x jaoks mõeldud utiliit, ei tööta (või töötab hästi) Windows ME-s. Faili struktuur ja konfiguratsioonifailid on Windows MEs veidi muutunud. Kuid mängud, programmid ja muu tarkvara töötavad Windows ME-s. Kui tarkvara ei tööta, peaks sellel olema värskendus, mis võimaldab töötada.